Фамилия Мильковкая — на первый взгляд, кажется просторечным вариантом от «Мильковская», но её написание с «я» на конце выдает редкую и характерную модель. Это типичная «фамилия женского рода», которая образована не от мужской формы, а напрямую от топонима или прозвища с помощью суффикса -к-, за которым следует окончание -ая. В русской ономастике такие фамилии встречаются реже: они либо указывают на замужнюю женщину (например, «жена Милькова»), либо происходят от названия деревни или реки, где жила семья, без перехода в мужской вариант.

Основа «Мильков-» восходит либо к личному имени Милька (уменьшительное от Милий, Емилиан или даже от мирского имени Мил — «милый, любимый»), либо к топониму. В России есть несколько сел с названием Мильково — например, в Камчатском крае и в Пермской области. Если предки носили фамилию Мильковкая, скорее всего, они происходили из местности, где жили «мильковские» — то есть выходцы из Милькова. Суффикс -к- в таком случае указывает на принадлежность к месту: «Мильковкая» буквально значила «из Милькова».

Второй, менее вероятный, но возможный вариант — прозвище Милько: так на Русском Севере и в Сибири называли человека, который «миловал» (жалел, ласкал) или, наоборот, был миловидным. Тогда Мильковкая — это «жена Милько» или «дочь Милько», но фамилия закрепилась в женской форме, что случалось, если в семье не было наследников мужского пола и фамилию передали через дочь.

С точки зрения географии, фамилия Мильковкая — редкая, встречается в основном в Сибири и на Урале, где были деревни с корнем «мил-». В дореволюционных переписях её могли записывать как Мильковская, но в быту люди говорили «Мильковкая», и так форма закрепилась. Это не ошибка, а живой диалектный вариант, который сохранил старую модель словообразования, почти исчезнувшую в современном русском языке.