Фамилия Миндагирова — женская форма мужской фамилии Миндагиров, которая образована по стандартной для русского языка модели с суффиксом -ов. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьянства и мещанства в XVI–XIX веках: к основе прозвища или имени прибавляли суффикс -ов (или -ев), а затем фамилию склоняли по падежам. Женский вариант закрепился как неизменяемый в документах.

Основа фамилии — слово «миндагир» или «миндагир». Скорее всего, это не славянский корень, а тюркское или кавказское заимствование. В тюркских языках (особенно в азербайджанском, кумыкском, татарском) есть основа «минда» или «менда», которая может означать «родинка», «пятно» или «метка», а суффикс -гир указывает на обладателя признака. Таким образом, «миндагир» — это человек с родинкой, с особым знаком на теле. Прозвища по внешним приметам — родинкам, шрамам, бородавкам — были распространены у всех народов, и в русской среде такое прозвище могли дать выходцу из тюркской или кавказской среды, либо оно перешло в фамилию без перевода.

Регионально фамилия Миндагирова встречается преимущественно в Дагестане, Чечне, а также среди татарского и азербайджанского населения. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, жили на Северном Кавказе или в Закавказье, где подобные прозвища были привычны. В русских документах фамилия могла закрепиться при переписях или при переходе в православие, когда тюркские имена и прозвища записывали на русский лад.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с арабским словом «миндак» (седло) или с персидским «минда» (остаток, излишек), но это требует дополнительных лингвистических подтверждений, которых пока нет. Наиболее правдоподобным остаётся толкование через родинку или метку — такое прозвище было очевидным и запоминающимся.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или горцам, а не к дворянству: фамилии на -ов с тюркской основой редко встречаются среди знати. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении.