Фамилия Миндалеева — женская форма, а её исходный мужской вариант — Миндалеев. В основе этой фамилии лежит не имя и не профессия, а прозвище или вариант имени, и здесь есть две основные версии, причём одна значительно правдоподобнее другой.

Первая и самая очевидная гипотеза: связь с тюркским миром. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «мин» означает «родинка» или «знак», а также встречается в составе личных имён (например, Минлебай, Минсагит). Фамилия могла образоваться от имени Миндал (или Миндалей) — уменьшительной формы от Миндебай или Миндали, где «дал» — тюркский суффикс, дающий значение «имеющий родинку» или «отмеченный». Суффикс -ев (а в женском варианте -ева) типичен для русских фамилий, образованных от тюркских основ в Поволжье и Приуралье. Носители фамилии Миндалеевы исторически встречаются в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — это косвенно подтверждает тюркскую версию.

Вторая, гораздо менее вероятная, версия — от русского слова «миндаль». Прозвище Миндаль могли дать человеку за слащавость, нежность или, наоборот, за горьковатый нрав (по аналогии с горьким миндалём). Однако фамилия Миндалев (Миндалеев) не фиксируется в старых русских переписных книгах и не имеет массового распространения в центральных регионах России. Словообразовательная модель «миндаль + -еев» нехарактерна для русских фамилий от названий растений (обычно было бы Миндалёв или Миндальский). Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее: фамилия, скорее всего, происходит от личного имени с корнем «мин» (родинка, знак) и оформилась по русской модели с помощью суффикса -ев.

В любом случае, Миндалеева — редкая фамилия, не входящая в сотни самых распространённых. Её носители, вероятно, происходят из смешанной русско-тюркской среды, где имя или прозвище, данное по примете (родинка), со временем закрепилось как фамильное.