Фамилия Миндикаев — редкий случай, когда основу можно уверенно связать с конкретным тюркским словом, но точное значение остаётся под вопросом. Корень «миндик» или «мендик» в ряде тюркских языков (особенно в казахском и башкирском) означает «родимое пятно», «родинка» или, реже, «бородавка». Соответственно, Миндикай — это человек, имеющий заметную родинку, то есть прозвище по внешнему признаку. Такие прозвища в тюркской среде были обычным делом: они не несли оскорбительного оттенка, а просто выделяли человека среди других.

Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилии, характерную для многих тюркских фамилий, которые попали в русскую документацию. Изначально форма звучала как Миндикай-улы (сын Миндика) или Миндикаев, где -ев — притяжательный суффикс, адаптированный под русскую грамматику. Встречается вариант написания через «а» (Миндикаев) и через «е» (Мендикаев) — оба возможны, так как в устной речи гласный первого слога редуцируется.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Западной Сибири — регионам, где исторически жили башкиры, татары и казахи. Встречается она нечасто, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного родового гнезда. Известно, что в некоторых районах Башкортостана и Оренбургской области фиксировались семьи Миндикаевых ещё в XIX веке.

С точки зрения социального контекста, предки носителя фамилии были, вероятнее всего, скотоводами или земледельцами, но незнатными людьми — прозвище по родинке вряд ли дали бы представителю аристократии. Встречается и другая, менее убедительная версия: связь с арабским именем Миндик (уменьшительное от Мухаммад), но она слабее, так как имя Миндик не зафиксировано в мусульманских именословах как самостоятельное. Таким образом, самая правдоподобная история фамилии Миндикаев — это прозвище по заметной родинке, которое закрепилось за родом в XIX веке при записи в метрические книги.