Фамилия Минникаев — яркий пример того, как тюркское имя, попав в русскую среду, обросло типично русским фамильным суффиксом. Её основа — мужское личное имя Минникай (Минникай), которое состоит из двух частей: «Мин» (по-татарски и башкирски — «родинка», но также и «тысяча», в переносном смысле — «множество», «изобилие») и «кай» — уменьшительно-ласкательный аффикс, распространённый в тюркских языках. Таким образом, имя Минникай можно перевести как «маленький, отмеченный родинкой» или, по другой версии, как «желанный, как тысяча сокровищ». Имена с компонентом «Мин» были популярны у башкир и татар, и родители давали их детям, надеясь на счастливую судьбу.

Русский суффикс «-ев» (фонетический вариант «-ов» после мягких согласных) указывает на принадлежность: Минникаев — это «сын Минникая». Такая модель образования фамилий — тюркское имя плюс русский патронимический суффикс — была массовой в XVI–XIX веках, когда народы Поволжья и Приуралья активно входили в состав Российского государства и получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Минникаев чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Носители этой фамилии — потомки башкир или татар, которые, скорее всего, были крестьянами, скотоводами или воинами-казаками. Примечательно, что в некоторых башкирских родах имя Минникай могло быть не личным, а частью сложного родового имени, но в фамилию оно перешло уже как отчество.

В отличие от фамилий на «-ин» (типа Мингазов — от Мингаз), форма Минникаев с суффиксом «-ев» подчёркивает, что имя-основа оканчивалось на согласный или «й». Это типично для адаптации тюркских имён, где конечный «й» в русском языке смягчается и требует именно суффикса «-ев», а не «-ов».