Фамилия Миндорина звучит необычно, но её происхождение укладывается в несколько типичных для русских фамилий моделей. Сразу бросается в глаза суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Миндорин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Миндора. Женская форма Миндорина — это то же самое, только по отношению к женщине.

Основа фамилии — слово «миндора» или «миндарь». В русских говорах, особенно северных и вологодских, «миндорой» называли небольшой кузовок, короб или корзину, сплетённую из бересты или лыка. Слово это, скорее всего, заимствованное из прибалтийско-финских языков, где родственные названия означают лукошко или плетёную ёмкость. Таким образом, прозвище Миндора мог получить мастер, который делал такие короба, или торговец, который ими торговал. В крестьянской среде прозвища по ремеслу или по предмету быта были делом обычным.

Вторая, менее очевидная версия отталкивается от мужского имени Миндор. Такое имя встречается в святцах, хоть и редко, и представляет собой народную переделку греческого имени Минодор (от «менос» — сила и «дорон» — дар). В этом случае фамилия Миндорин — отчество от церковного имени, которое в быту сократили. Однако эта версия слабее: фамилии от редких календарных имён чаще заканчиваются на -ов/-ев, а суффикс -ин характерен для основ на -а, что как раз и даёт прозвищную форму.

Географически фамилия привязана к Русскому Северу. Наибольшая концентрация носителей Миндориных — в Архангельской области, особенно в бывшем Шенкурском уезде, и в Вологодчине. Это подтверждает «северную» версию с коробом: берестяные промыслы были распространены именно в таёжной зоне. Встречается фамилия и на Урале, куда переселенцы с Севера принесли и прозвище, и ремесло.

По сословию Миндорины почти наверняка были государственными или дворцовыми крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и в списках столбового дворянства нет. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной, что для русских «ремесленных» прозвищ типично: она не стала массовой, но сохранила прямую связь с занятием предка.