Фамилия Миндукшев — редкая, и её происхождение неочевидно для русского уха. В ней нет привычной основы от крестильного имени или распространённого ремесла, поэтому разбирать её стоит через географию и возможные языковые корни.

Самое правдоподобное объяснение ведёт на восток. Основа «Миндукш» или «Миндукше» — это, скорее всего, искажённое тюркское или монгольское личное имя или прозвище. В тюркских языках есть слова, близкие по звучанию к «мен» (родинка, пятно) или «мин» (тысяча), а также «дук»/«тук» (родился). Но конкретная этимология спорна. Более определённо можно сказать о модели: суффикс «-ев» указывает на русскую адаптацию фамилии по патронимическому типу («чей?» — сын Миндукша). Это типичная ситуация для фамилий, возникших у поволжских татар, башкир или народов Кавказа при контакте с русской администрацией в XVIII–XIX веках.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с литовским или балтским корнем. В Литве есть фамилия Миндаугас (Mindaugas), а устаревшая форма «Миндук» (Mendog) — это латинизированная запись имени великого князя Миндовга. Если предположить, что исходное прозвище было «Миндук» (человек, названный в честь князя или обладающий его чертами), то «Миндукшев» могло быть его производным с суффиксом «-ш-» (как в фамилиях Ивашов, Тимошев). Но эта версия слабее: балтские фамилии в русской среде обычно оканчиваются на «-ис», «-ас» или «-ус», а суффикс «-шев» для них нетипичен.

Географически фамилия встречается в рассеянном виде по всей России, но заметных гнёзд не образует. Это говорит о том, что носители, скорее всего, не принадлежали к многочисленному крестьянскому сословию (которое давало массовые фамилии), а были выходцами из служилых татар, мещан или казаков, либо фамилия возникла в результате поздней русификации в небольшой локальной группе.

Словообразовательный суффикс «-шев» (а не «-ев») заслуживает отдельного внимания. Он встречается реже, чем «-ов» или «-ин», и часто указывает на то, что основа имени оканчивалась на шипящий звук (Миндукш → Миндукшев). Это дополнительный аргумент в пользу тюркского происхождения: в тюркских языках много имён, оканчивающихся на «-ш» (Аккуш, Куш, Яныш), которые при адаптации давали именно такие фамилии.

Таким образом, с наибольшей вероятностью предки современного носителя фамилии Миндукшев — это тюркоязычный человек по имени Миндукш (или Миндук), живший на территории Российской империи, чьи потомки получили фамилию по отцу. Конкретное значение имени остаётся загадкой, но оно могло быть связано с родовым тотемом, числом или личной приметой.