Фамилия Мисаненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс, восходящий к уменьшительно-патронимическому значению, изначально указывал на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Мисаненко — это «сын Мисана» или «потомок Мисана».

Основа фамилии — Мисан. Здесь возможны два основных объяснения, и оба укладываются в логику народных прозвищ. Первый вариант: Мисан — это форма от крестильного имени Михаил. В украинском языке имя Михаил через народные варианты (Мись, Мис) могло дать уменьшительное Мисан. Второй вариант, не менее вероятный, — прозвище, связанное с диалектным словом «миса». В юго-западных говорах так называли большую миску, чашу для еды. Прозвище Мисан могли дать либо гончару, делавшему такую посуду, либо человеку с крупной головой или широким лицом — по сходству с формой миски.

Географически фамилия Мисаненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Черкащине и Полтавщине — классическим территориям распространения фамилий на -енко. В России она встречается реже и обычно принадлежит потомкам переселенцев с Украины. В архивных записях XIX века такие фамилии часто фиксировались в казацких и крестьянских сословиях, что неудивительно: суффикс -енко был особенно распространен именно в казацкой среде.

В отличие от многих фамилий, где основа прозрачна, Мисаненко оставляет пространство для догадки. Но если опираться на частотность прозвищ от названий предметов быта, версия с «мисой» выглядит чуть более конкретной, чем отсылка к Михаилу: слишком много на Украине «посудистых» фамилий вроде Мищенко, Глечик, Кухоль. Мисаненко — одна из тех фамилий, где за простым суффиксом скрывается либо ремесло, либо меткая народная характеристика внешности.