Фамилия Мишкеева — женская форма от Мишкеев, и её разумнее разбирать через мужской вариант. В основе лежит имя Мишкей — народная, уменьшительная форма крестильного имени Михаил. Суффикс -еев указывает на притяжательное значение: Мишкеев буквально означает «чей?» — сын Мишкея, потомок человека по прозвищу Мишкей. Это характерная восточнославянская модель, особенно распространённая в среде, где имена и прозвища на -ей были привычны: Тимофей → Тишкей, Матвей → Матюкей, Михаил → Мишкей.

В русской ономастике фамилии на -еев часто соседствуют с более частотными на -ев, но здесь ударение на суффиксе неслучайно: форма Мишкеев сохранила древнюю огласовку, где -ей — не просто окончание, а часть прозвищного имени. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования отнесены к типичным для северных и центральных губерний России, но Мишкеевы встречаются и в Поволжье, особенно среди мордвы и чувашей. У этих народов имя Мишка (как вариант Михаила) бытовало в качестве бытового, а суффикс -ей мог адаптироваться под местную фонетику, дав фамилию Мишкеев.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла быть не от Мишкей, а от тюркского имени Мишке (например, у татар или башкир), где -еев — уже русский патронимический суффикс. Но для фамилии Мишкеева, зафиксированной в русских переписях (например, в документах XVII–XVIII веков по Казанской губернии), связь с Михаилом остаётся основной. В любом случае, предок носителя фамилии — это человек, которого в быту звали Мишкей, и его потомки получили фамилию по этому прозвищу.

Сословно Мишкеевы, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам — в дворянских родословных эта фамилия не встречается. Сегодня она редкая, но не исчезнувшая: носители живут в Татарстане, Удмуртии и Кировской области. Если ваша фамилия Мишкеева, вы носите память о предке, чьё имя звучало по-домашнему тепло — как Мишенька, но в старом, почти забытом варианте Мишкей.