Фамилия Мишкерёв — нечастый случай, когда прозвище, лёгшее в основу, до сих пор вызывает споры у этимологов. В ней отчётливо видна модель образования от личного имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ёв. Суффикс -ёв (в безударном положении часто переходящий в -ев) указывает на принадлежность: Мишкерёв — это «сын Мишкеря». Но что такое «Мишкерь»?

Самая правдоподобная версия связывает основу с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий слово «мишкер» или «мишкяр» означало «скотник», «пастух», «человек, ухаживающий за скотом». Для южнорусских и поволжских регионов, где веками шло смешение славянского и тюркского населения, такая основа естественна. Прозвище Мишкерь могли дать человеку, чьим занятием был выпас или забота о домашнем скоте. В пользу этой гипотезы говорит и то, что в исторических документах встречаются однокоренные фамилии (Мишкеров, Мишкарёв) именно в районах бывшего Казанского ханства и на южных рубежах России.

Менее убедительна попытка вывести основу из русского имени Михаил. Соблазнительно увидеть в «Мишкерь» народную форму от Мишка — с суффиксом -ерь, но такая модель в русской антропонимии крайне редка и не имеет типологических параллелей. Обычно уменьшительные формы от Михаила давали Мишков, Мишагин, Мишуткин, а не Мишкерёв. Если бы основа была славянской, мы бы ждали суффикс -ов (Мишкеров), а не -ёв с мягким знаком в корне.

Интересна и региональная привязка. Фамилия Мишкерёв почти не встречается в центральных областях России, зато её фиксируют в архивных записях по Пензенской, Тамбовской и Саратовской губерниям. Это как раз те земли, где в XVII–XVIII веках оседали служилые люди и крестьяне из разных этнических групп, и где тюркские прозвища были обычным делом. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, жил в чернозёмной полосе и получил прозвище по роду занятий — пастух или скотник. Написание через «ё» (Мишкерёв) указывает на ударение на последний слог, что типично для фамилий, образованных от основ с конечным мягким согласным (сравните: Козарёв, Пахарёв).