Фамилия Мишуненков — редкий пример русской фамилии, образованной от полной формы имени с помощью тройного суффикса. В ней сразу три словообразовательных элемента: уменьшительно-ласкательный суффикс -ун- (как в «горбун», «говорун»), затем матронимический или патронимический суффикс -енк- (указывающий на принадлежность: «чей?»), и наконец стандартный фамильный суффикс -ов. Такую цепочку встречаешь нечасто: обычно фамилии на -енков (вроде Федосеенков, Григоренков) образуются сразу от имени с суффиксом -енк-, без промежуточного -ун-.

Основа фамилии — имя Мишуня. Это народная, ласковая форма от канонического имени Михаил. В русских говорах суффикс -ун- придавал имени оттенок просторечной фамильярности: Мишуня — не просто «маленький Миша», а скорее «Миша, которого ласково зовут, может быть, немного с ленцой или увальнем». Такие формы были особенно распространены в северных и центральных губерниях России, где любили «увеличительно-ласкательные» прозвища.

По модели образования Мишуненков — типичная «фамилия-отчество»: сначала отца или мать звали Мишуня (отсюда отчество Мишуненок — «сын Мишуни»), а затем это отчество закрепилось за потомками в виде фамилии с окончанием -ов. В украинской и белорусской традиции суффикс -енко давал фамилии без наращения -ов (Мишуненко), но в русском языке, особенно в южнорусских областях, такие фамилии часто «обрусевали» добавлением -ов, чтобы вписаться в стандартную модель склонения.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Ростовской — регионах, где исторически смешивались русское и украинское население. Именно там формы на -енок/-ёнок (в значении «детёныш, сын») были распространены в быту, а затем перешли в официальные фамилии.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа не от имени, а от прозвища Мишуня — так могли называть человека, который «мишунит», то есть мешкает, копается (от диалектного глагола «мишунить» — медлить). Но в этом случае фамилия была бы скорее Мишунин (от прозвища на -я) или Мишункин. Форма с суффиксом -енков однозначно указывает на отчество, так что происхождение от имени Михаил остаётся основным.