Фамилия Мишуненкова — это женская форма фамилии Мишуненков, и её происхождение стоит искать в разговорных вариантах имени Михаил. В основе лежит имя Мишун, которое в старину было уменьшительно-ласкательной или просторечной формой от канонического Михаил. Такие «усечённые» имена с суффиксом -ун (как Петрун, Иван, Гришун) были распространены в крестьянской и посадской среде: суффикс придавал имени оттенок фамильярности или принадлежности к «своим».

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ов/-ев образуются от прозвищ или полных имён, но Мишуненков — редкий случай с двойным суффиксом: -енк- и -ов-. Суффикс -енк- в русских фамилиях (особенно в южнорусских и украинских) традиционно указывал на «малого», сына: Мишуненко — буквально «маленький Мишун» или «сын Мишуна». А затем, при адаптации в великорусской среде, к этой основе добавили стандартный фамильный суффикс -ов, получив Мишуненков. То есть фамилия прошла два этапа: сначала её «скроили» по украинско-белорусской модели (Мишуненко), а потом «обрусели», приписав -ов.

Географически такие фамилии с двойным суффиксом (-енков) чаще всего встречаются на стыке русских и украинских территорий — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также среди переселенцев на Дон и Кубань. Предок носительницы фамилии, скорее всего, был выходцем из этих мест, где в просторечии имя Михаил превращалось в Мишуна, а его сына звали Мишуненком. Позже, когда фамилии стали закрепляться официально, окончание -ов сделало её «правильной» для русских документов.

Интересно, что в отличие от более частых Мишуниных или Мишуковых, фамилия Мишуненков сохранила архаичную ступень словообразования. Она не даёт прямой подсказки о роде занятий предка — только о его имени. Но сама по себе редкость модели (двойной суффикс) говорит о том, что фамилия не подверглась унификации и осталась в том виде, в каком её записал писарь в XIX веке.