Фамилия Мисняев — один из тех случаев, когда бросается в глаза необычное звучание, но за ним стоит прозрачная и довольно редкая словообразовательная модель. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Мисняев явно отсылает к прозвищу или мирскому имени Мисняй.

Корень здесь — «мис-», который в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное: «мис» или «миса» — это большая миска, чаша, блюдо. В диалектах слово «миса» (от греческого «миса») было широко распространено в значении «посуда для еды». Соответственно, прозвище Мисняй мог получить либо мастер, делавший такую посуду (гончар или деревянных дел мастер), либо человек с крупным телосложением — в переносном смысле «как миска», или, напротив, любитель плотно и много поесть, «мисочник». Суффикс «-яй» в прозвищах характерен для северных и центральных русских говоров (сравните: Молчай, Ширяй, Гуляй) и придаёт слову оттенок деятеля или носителя признака.

Менее убедительна, но возможна версия, связывающая фамилию с тюркским именем Мисяй (Мисей), которое могло быть вариантом имени Миша или уменьшительной формой от Муса. Однако против этого говорит типично русский суффикс «-яй», который редко встречается в заимствованных основах. Географически фамилия Мисняев тяготеет к Поволжью и южнорусским областям, где гончарный промысел был особенно развит. Встречается она нечасто, что указывает на локальное происхождение от одного прозвища.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Мисняй» добавили притяжательный суффикс «-ев» (после мягкого «й»). Таким образом, Мисняев — буквально «сын Мисняя». В документах XVII–XVIII веков такая модель встречалась в среде крестьян и посадских людей, реже — у служилых. Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, была крестьянской или ремесленной, без связи с дворянством.