Фамилия Митрафанов — один из живых примеров того, как народная речь перекроила церковное имя на свой лад. В основе лежит крестильное мужское имя Митрофан (греч. «явленный матерью»), но в бытовом, неофициальном произношении звук «о» перешел в «а» — так и появился вариант Митрафан. Фамилию образовали по стандартной патронимической модели: Митрафанов буквально значит «сын Митрафана». Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, и такие фамилии в центральной России и на севере получали большинство крестьян и мещан.

Интересно, что в документах XVII–XVIII веков обе формы — Митрофанов и Митрафанов — встречаются как равноправные, причем вторая не считалась ошибкой. Это говорит о том, что фамилия закрепилась именно в устной традиции, где имя произносили бегло. Написание через «а» долго держалось в крестьянских и казачьих семьях Поволжья и южных губерний — там, где грамота была не поголовной, а имя передавали на слух.

Ономасты, в частности Б. Унбегаун в «Русских фамилиях», отмечают, что фамилии с чередованием о/а в корне (вроде Митрафанов рядом с Митрофанов) — характерная примета простонародного словоупотребления. Дворянские роды, как правило, сохраняли церковную форму, а вот у крестьян аканье в имени давало устойчивый вариант. Так что предки носителя фамилии Митрафанов, скорее всего, были людьми незнатными, но с крепкой родовой памятью: имя деда или отца, записанное так, как его слышали, осталось в фамилии на века.

Отдельно стоит сказать, что фамилия редкая: в современных справочниках она встречается в десятки раз реже, чем Митрофанов. Это делает её не просто указанием на родство, а своеобразным маркером регионального говора — возможно, предки жили в местности, где аканье было особенно сильным, например, в рязанских или тамбовских землях.