Фамилия Мочкалев — одна из тех, что хранит в себе бытовую деталь, а не громкое историческое событие. Её основа — прозвище или нецерковное имя Мочкал, которое, скорее всего, связано со словом «мочка». В русских говорах «мочка» — это не только часть уха, но и пучок льна или конопли, приготовленный для трепания, а также мочёное яблоко. Человек мог получить прозвище Мочкал за привычку мочить что-либо (например, лён перед обработкой) или за внешнюю особенность — скажем, за оттопыренные или проколотые мочки ушей. Вторая версия, менее вероятная, отсылает к глаголу «мочкать» — пачкать, марать, так что прозвище могло даваться неряхе, но в фамилиях такие корни встречаются реже.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мочкалев — буквально «сын Мочкала». Это типичная русская патронимическая модель, распространённая в центральных и северных губерниях. В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, здесь сработал твёрдый согласный в конце прозвища (Мочкал → Мочкалев). Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Вятке: в переписях XIX века Мочкалевы встречаются в Казанской, Вятской и Симбирской губерниях, что подтверждает связь с льноводческими районами, где «мочка» была рабочим термином.

Написание с одним «л» (Мочкалев, а не Мочкалёв) закрепилось в документах, хотя в устной речи ударение падает на второй слог: Мочка́лев. Встречаются однокоренные фамилии — Мочкалов, Мочкалин, Мочкин, но Мочкалев — самая частотная форма. О дворянском происхождении речи нет: носители фамилии в основном крестьяне и мещане, а в редких случаях — духовенство (в семинариях могли дать фамилию по названию села Мочкалы, если такое существовало, но это уже местный топоним, а не прозвище).