Фамилия Могильдя — одна из тех, что заставляет задуматься с первого взгляда. Она звучит необычно, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами не типичная русская фамилия на -ов или -ин, а фамилия, корни которой уходят в украинское или белорусское просторечие. В основе лежит слово «могильда» — диалектное название ящерицы или небольшой змейки, вроде медянки или веретеницы. В говорах юго-западных областей так называли юркое, скользкое существо, которое крестьяне видели в поле или у старого погоста.

Отсюда и прозвище Могильдя — его мог получить человек, чем-то напоминавший эту ящерицу: вертлявый, быстрый, ускользающий, или же, наоборот, имевший отношение к кладбищам (народная этимология могла связать слово с «могилой», хотя прямой лингвистической связи нет). Фамилию образовали без дополнительного суффикса — просто закрепили прозвище как родовое имя. Такая модель (бессуффиксная, с окончанием -я) характерна для украинских и белорусских фамилий, например, Шульга, Гамза, Паливода. В русской традиции она встречается реже, но в пограничных регионах — Смоленщине, Брянщине, Черниговщине — вполне возможна.

Вторая, менее вероятная, но имеющая право на существование версия — от тюркского корня. В некоторых тюркских языках есть слова, звучащие как «могыл» или «могул», означающие «сильный», «богатырь» или «могила» (в переносном смысле — «глыба»). Но тогда форма «Могильдя» скорее всего возникла бы через русскую адаптацию, а не напрямую. Поскольку фамилия редкая и не встречается в массовых списках дворянства или купечества, её носители, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или казачьему сословию. Сегодня Могильдя — фамилия штучная, и её обладатели с высокой вероятностью могут проследить родословную до определённого села в Западной России или на Украине, где это прозвище дали одному из предков.