Фамилия Могильнова — женская форма, а мужская, Могильнов, образована по стандартной патронимической модели от прозвища или мирского имени Могильня. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Могильнов, то есть «сын Могильни». В русских фамилиях эта модель одна из самых распространённых, но сама основа редкая и сразу привлекает внимание своим мрачноватым оттенком.

Прозвище Могильня, скорее всего, давали человеку, связанному с кладбищем или похоронным делом. В древнерусских говорах «могильня» — это и сама могила, и место захоронения, и даже кладбищенский сторож или копатель могил. В ономастическом словаре Веселовского встречается фамилия Могильников, что подтверждает: прозвища от слова «могила» не редкость, их давали по занятию или по месту жительства — например, тому, кто жил у погоста. Могильня могло быть и именем-оберегом: в языческой традиции ребёнку давали «плохое» имя, чтобы отогнать злых духов, и такое имя не воспринималось как оскорбление.

Вторая, менее очевидная версия связывает основу с диалектным словом «могиль» — так в некоторых областях называли холм, бугор или насыпь. Тогда Могильня — человек, живший на возвышенности. Но эта гипотеза слабее: прямых лексических подтверждений мало, а связь с погребальной тематикой в русской ономастике встречается чаще и логичнее.

Географически фамилия Могильнов тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается она нечасто, и в дореволюционных списках её носители — преимущественно крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что неудивительно: прозвища, связанные с «непрестижным» ремеслом, редко переходили в высшие сословия. Сегодня фамилия сохраняет редкость, и её обладатели могут с высокой вероятностью проследить корни до сельских местностей, где кладбищенские сторожа или могильщики были на виду у всей общины.