Фамилия Могульджинов — наглядный пример того, как в русской фамилии может сохраниться иноязычная основа, почти не поддающаяся однозначному толкованию без глубокого погружения в историю региона. Сразу бросается в глаза необычный для русской ономастики корень «Могульдж-» и суффикс «-ин», который в данном случае не указывает на принадлежность отцу (как в фамилиях типа «Ильин»), а оформляет тюркское имя или прозвище по русской модели.

Скорее всего, основа фамилии восходит к этнониму или топониму. «Могул» (или «могол») — это историческое название монголов, закрепившееся в Средней Азии (Великие Моголы, Моголистан). Частица «-джи» в тюркских языках — характерный аффикс, обозначающий человека по роду занятий или принадлежности (сравните: «чайхан-джи» — хозяин чайханы, «аш-джи» — повар). Таким образом, «Могульджи» могло означать «человек из племени моголов» или «тот, кто связан с моголами». В казахском и киргизском языках слово «могол» известно как родоплеменное название, а форма «могул» встречается в исторических хрониках.

Вероятно, предок носителя фамилии получил прозвище Могульджи (или Могулджи) — либо по происхождению из монгольской или могольской среды, либо по внешнему сходству, либо по роду деятельности (например, торговец, имевший дело с могольскими землями). Русский суффикс «-ов» превратил бы это прозвище в Могульджиев, но здесь мы видим «-ин», что тоже норма для фамилий, образованных от слов на мягкий согласный или на гласный: Могульджа — Могульджин. Встречаются варианты написания с одной «л» (Могульджинов) и с двумя (Могульджинов), что связано с неустойчивостью передачи тюркских звуков.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и тюрко-монгольское население: Оренбуржье, Урал, Казахстан. Это редкая фамилия, не зафиксированная в массовых списках дворянства или крестьянства центральной России, что указывает на её позднее оформление (вероятно, в XIX веке) среди казачества или переселенцев. Споров вокруг этимологии почти нет: корень очевидно восточный, а русская модель образования — стандартная для адаптации инородных прозвищ.