Фамилия Моковкин образована от прозвища или нецерковного имени Моковка. В основе лежит слово «моква» — так в некоторых русских говорах называли сырость, влажность, мокроту, а также болотистую местность или человека, который «мокнет», то есть легко потеет или промокает. Суффикс -к- в прозвище Моковка указывает на уменьшительную или уничижительную форму, а фамильный суффикс -ин — на принадлежность: «сын Моковки».

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с глаголом «мокнуть» в значении «квасить, мочить» — Моковкой могли прозвать кожевника или мастера, который вымачивал лён или кожи. В любом случае прозвище относится к категории «профессионально-бытовых» или «характерологических»: оно описывало либо занятие человека, либо его внешнюю особенность.

Фамилия редкая и локальная. Основные очаги её бытования — центральные и северные области России, особенно Вологодская и Кировская области, где диалектное слово «моква» было в ходу. Встречается также в Поволжье, но единично. В переписных книгах XVII–XVIII веков Моковкины — крестьяне и посадские люди, никаких дворянских ветвей не зафиксировано.

Интересная деталь: фамилия Моковкин не связана с топонимами (нет известных сёл Моковка), и её основа не имеет отношения к церковным именам. Это редкий случай, когда фамилия образована от чисто диалектного, почти забытого слова. Для сравнения: однокоренные фамилии Моков, Мокеев, Мокроусов — все из того же гнезда «мокрый», но у Моковкина суффикс -к- делает прозвище более конкретным и бытовым.

В современных справочниках фамилия нечастотна: по данным ономастов, её носит не более нескольких сотен человек в России. Ударение в фамилии — на втором слоге: Моко́вкин.