Фамилия Мокрынин — редкая и прозрачная по корню, но неочевидная по способу образования. В её основе лежит прилагательное «мокрый» или прозвище Мокрый, которое давали человеку с сырым, влажным характером (плаксивому, меланхоличному) или тому, кто часто мок на работе — рыбаку, лодочнику, болотному жителю. Однако самое прямое объяснение лежит в народной традиции: мокрым называли ребёнка, родившегося в дождливую погоду или крещённого в день, связанный с водой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мокрынин — «сын Мокрыни». А вот Мокрыня — это уже нестандартная форма. В русской антропонимии прозвища и имена на -ыня встречаются редко и обычно носят экспрессивный оттенок (сравните: Тихоня, Грязнуля, Соня). Мокрыня — это не просто «мокрый», а усиленное, почти бытовое прозвище: «вечно мокрый», «мокряк». Такая модель характерна для северных и северо-восточных говоров, где -ыня могло быть уменьшительно-уничижительным или, наоборот, ласкательным суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — регионам с обилием рек, озёр и болот. В этих местах прозвище Мокрый и производные от него встречались чаще, поскольку сырость была не просто погодой, а образом жизни. Встречаются и однокоренные фамилии: Мокров, Мокроусов, Мокрый, Мокренин — но Мокрынин стоит особняком из-за редкости основы.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных имён или профессий, Мокрынин — чисто прозвищная фамилия, без связи с крестильным именем. Это значит, что предок носителя получил своё прозвание не по отцу или роду занятий, а по яркой внешней или поведенческой черте. Со временем прозвище закрепилось за потомками, и фамилия сохранила ту самую разговорную, бытовую окраску, которую редко встретишь у дворянских родов.

Искать носителей фамилии стоит в первую очередь в северных и центральных регионах России, а также в среде старообрядцев, где прозвищные фамилии дольше сохранялись в быту.