Фамилия Молдаванский — наглядный пример того, как географическое имя превращается в фамильное прозвище, а затем в наследственное именование. Её основа — «молдаван», то есть выходец из Молдавии (исторической области, а не обязательно современного государства). Суффикс -ск- указывает на типичную модель образования фамилий у поляков, украинцев, белорусов и евреев: он прибавлялся к названию местности или этнониму. В русской традиции фамилии на -ский чаще носили дворяне и духовенство, но Молдаванский — случай иной: это фамилия, которая могла возникнуть в среде мещан, казаков или еврейского населения черты оседлости.

Вероятнее всего, фамилию получил человек, которого окружающие помнили как «молдаванина» — либо по происхождению, либо по месту долгого жительства. В Российской империи переселенцы из Молдавского княжества встречались на юге Украины, в Бессарабии, на Кубани и Дону. Там же фамилия Молдаванский фиксируется в документах XIX века. Написание с суффиксом -ан- (а не -ов-) подчёркивает именно этническую принадлежность, а не отчество: Молдаванов и Молдаванский — родственные, но разные по модели фамилии.

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть не от прямого этнонима, а от прозвища, связанного с внешностью, одеждой или манерой поведения, которые в народе ассоциировали с молдаванами. В таком случае Молдаванский — не указание на национальность предка, а меткая характеристика, закрепившаяся в обиходе.

Стоит отличать Молдаванского от фамилии Молдаванов (с русским патронимическим суффиксом) и от Молдавану (румынская/молдавская модель). Фамилия на -ский — результат адаптации в восточнославянской среде, и её носители почти наверняка жили в многонациональных регионах, где этнические прозвища были обычной практикой.