Основой фамилии Молькин послужило церковное имя Молий. Скорее всего, фамилия Молькин происходит от имени Молька, которое является краткой формой редкого мужского имени Молий. Точное его значение неизвестно, но можно предположить, что это имя связано с латинским словом moles - «масса, глыба, скала» или molio - «строить, воздвигать». Это имя носил мученик Молий, день памяти которого приходится на 2 сентября (20 августа). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Молька, со временем получил фамилию Молькин.