Фамилия Молькина — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило память о себе. Её разбор упирается в имя Молька, а оно, в свою очередь, в слово «моль». Но что за человек мог получить такое прозвище? Самый прямой ход — неодобрительное прозвище для того, кто «проедает» чужое добро, живёт за чужой счёт, как моль — одежду. В говорах «молью» могли назвать и мелкого, суетливого человека, и того, кто постоянно ноет или придирается. Вторая, менее очевидная версия — связь с диалектным «моль» в значении «мелкая рыба, малёк»: тогда прозвище могло относиться к невысокому или щуплому человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Молькин, то есть сын, потомок или человек из семьи Мольки. Это типичная модель русских фамилий от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Форма Молькина — женский вариант, но в современном употреблении это и фамилия женщины, и, реже, историческая форма для мужчины (в документах XIX века такое встречалось). Мужской вариант — Молькин.

В отличие от множества фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, но и Ивашкин, Васькин), Молькина стоит особняком: её основа — не сокращение от канонического имени, а чистое прозвище. Словарь русских фамилий В. А. Никонова относит подобные образования к «прозвищным» — самым древним по времени возникновения, но не всегда понятным по смыслу. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где суффикс -ин продуктивен, но нигде не образует крупных гнёзд — это редкая фамилия, что косвенно подтверждает её происхождение от индивидуального, а не массового прозвища.

Спорных версий здесь немного. Связывать фамилию с польским или украинским «моль» (моль — насекомое) бессмысленно — значение то же, а суффикс -ин нехарактерен для западнославянских фамилий. Версия о происхождении от названия реки или местности (гипотетическая Молька) не подкреплена ни топонимикой, ни географией бытования фамилии. Так что самый надёжный путь — через прозвище, каким бы обидным оно ни казалось сейчас. Предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком с заметной чертой характера или внешности, за которую его и прозвали Молькой — и прозвище закрепилось в роду на века.