Фамилия Молькин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Молькин послужило церковное имя Молий. Скорее всего, фамилия Молькин происходит от имени Молька, которое является краткой формой редкого мужского имени Молий. Точное его значение неизвестно, но можно предположить, что это имя связано с латинским словом moles - «масса, глыба, скала» или molio - «строить, воздвигать». Это имя носил мученик Молий, день памяти которого приходится на 2 сентября (20 августа). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Молька, со временем получил фамилию Молькин. О точном месте и времени возникновения фамилии Молькин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Молькин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.