Фамилия Молькины образована от личного имени Молька — краткой формы редкого крестильного имени Молий. Такой путь типичен для русского фамильного именования: полное церковное имя в быту сокращали, а уже от этой домашней формы закрепляли родовое прозвание. В данном случае цепочка выглядит так: Молий → Молька → Молькин, то есть «сын Мольки», потомок человека с таким именем.

Точное значение имени Молий спорно. Наиболее вероятная версия связывает его с латинским moles — «масса, глыба, скала» либо molio — «строить, воздвигать». Слабее выглядит попытка вывести имя из греческого или славянского материала: убедительных параллелей там нет, а латинская основа хорошо согласуется с тем, что имя встречалось в церковных святцах. Известен мученик Молий, день памяти которого приходится на 2 сентября (20 августа по гражданскому календарю).

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Молькин буквально значит «чей-то» — из семьи Мольки. Такая модель в русских фамилиях одна из самых частых, но сама основа делает фамилию редкой. Если фамилии вроде Ивановых или Петровых встречаются повсеместно, то Молькины обязаны своим появлением нечастому имени, которое почти вышло из обихода уже к XVIII–XIX векам.

Точное место и время возникновения фамилии Молькины назвать сложно. Фамилии у крестьян и мещан закреплялись в разных регионах в разное время, нередко лишь к середине XIX века. Можно лишь утверждать, что фамилия сформировалась там, где бытовало имя Молий, а это скорее южнорусские и западнорусские земли, где латинские влияния через церковную книжность ощущались сильнее. Впрочем, без конкретных архивных данных это предположение остается гипотезой.

Сегодня фамилия Молькины встречается нечасто, но именно редкость делает её выразительной. Она сохранила память об имени, которое почти исчезло из русского именослова, и о той живой практике, когда церковное имя перекраивалось на домашний лад. Для носителей фамилии это не просто набор букв, а след давней семейной истории, уходящей в святцы и в народную речь.