Фамилия Молодайкина — женская форма от Молодайкин, и её основа не связана напрямую с возрастом или молодостью, как может показаться на первый взгляд. В русской ономастике есть группа фамилий, образованных от прозвищ, данных по родству или свойству, и Молодайкин — один из таких случаев. Скорее всего, в основе лежит слово «молодайка» — так в южнорусских и украинских говорах называли молодую невестку, жену сына, которая только вошла в дом мужа. Прозвище Молодайка могли дать либо самой женщине, либо, что вероятнее, её мужу или отцу — как указание на то, что он женат на молодой снохе или что его дочь стала невесткой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Молодайкин буквально означает «сын (или потомок) Молодайки». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, которые в русском языке склоняются по первому склонению и дают притяжательную форму с суффиксом -ин. Если бы основа была на согласный, мы бы увидели суффикс -ов (как в фамилии Молодцов), но здесь именно -ин, что подтверждает женский или уменьшительно-ласкательный характер исходного прозвища.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где слово «молодайка» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. Сравнение с однокоренными фамилиями — Молодцов, Молодкин, Молодых — показывает, что Молодайкин стоит особняком: если Молодцов образовано от прямого прилагательного «молодой», то Молодайкин отсылает к конкретному семейному положению, а не к возрасту как таковому.

Таким образом, предки носительницы этой фамилии могли быть крестьянами или мещанами, в чьём обиходе слово «молодайка» обозначало конкретного человека — скорее всего, женщину, которая недавно вышла замуж и жила в семье мужа. Никаких данных о дворянском происхождении или известных исторических носителях нет, что типично для фамилий, возникших в народной среде.