Фамилия Молодейкина — женская форма фамилии Молодейкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Молодейка. Сама основа здесь прозрачна: «молодой». Но чтобы понять, кого именно так называли, нужно разобраться в суффиксах.

В русских фамилиях суффикс -ейк- встречается реже, чем стандартные -к- или -ов-. Он характерен для так называемых «полуимен» — уменьшительно-ласкательных или, наоборот, пренебрежительных форм от личных имён и прозвищ. Молодейка — это не просто «молодой человек», а конкретное прозвище. В старину так могли назвать младшего сына в семье, вечно юного видом мужчину, либо, с иронией, человека не по годам серьёзного или, напротив, незрелого в поступках. В говорах слово «молодейка» могло означать и «молодуха», «молодая женщина», но фамилия образована от мужской формы — Молодейка.

Географически фамилия сосредоточена в центральных и северных областях России. Встречается в архивах Вологодской, Костромской и Ярославской губерний — регионах, где была сильна традиция нецерковных имён и прозвищ. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давали по отцу (Молодцов — сын Молодца), форма на -ейкин указывает на прямое прозвище предка: Молодейка — это сам родоначальник, а не его отец.

Сравните с однокоренными фамилиями: Молодцов, Молодкин, Молодыка. Молодейкин стоит особняком — его суффикс -ейк- делает фамилию более «домашней», разговорной, будто прозвище закрепилось не в официальных бумагах, а в бытовом общении. Вероятно, предок носителя фамилии был заметен в своей общине именно как «молодейка» — либо по возрасту, либо по характеру.

В старых переписных книгах фамилия могла писаться двояко: через «о» (Молодейкин) и через «а» (Маладейкин) — из-за акающего произношения. Но корень везде один: от «молодой», без связи с «молотить» или «молот».