Фамилия Молодкина образована от личного прозвища Молодка и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ин». Этот суффикс указывал на принадлежность: Молодкин буквально означал «сын Молодки» или «человек из семьи Молодки». Такая модель типична для северорусских и сибирских фамилий, где притяжательные формы на -ин часто вытесняли более привычные -ов.

Молодкой в русских народных говорах называют замужнюю нестарую женщину лет до сорока. Это слово жило в диалектах параллельно с литературным «молодуха» и несло оттенок уважительного отношения к женщине в расцвете сил. Поэтому первая версия происхождения прозвища проста: так могли назвать самостоятельную, бойкую женщину, которая вела хозяйство или пользовалась авторитетом в общине. Отсюда и фамилия: потомок такой женщины получал прозвище Молодкин, то есть «мамин сын» в хорошем смысле — сын той самой Молодки.

Вторая версия связана с восточнославянским обычаем называть молодкой женщину, которая в первых родах принесла мальчика. В крестьянской среде рождение сына было событием первостепенной важности: мальчик — будущий работник и продолжатель рода. Такой факт биографии не мог остаться незамеченным, и женщина надолго получала прозвище Молодка, которое затем переходило на её детей. Эта версия правдоподобнее первой: она объясняет, почему прозвище закрепилось именно за женщиной, а не за мужчиной, и почему оно оказалось устойчивым.

Слово «молодка» встречается и в других славянских языках, но с разными оттенками: у поляков «młodka» — молодая девушка, у украинцев «молодка» — невестка, жена сына. В русских говорах значение оказалось шире — любая молодая замужняя женщина. Эта многозначность показывает, что фамилия Молодкин могла возникнуть в разных регионах независимо, в каждом случае опираясь на местное понимание слова.

Точное место и время возникновения фамилии Молодкин назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVIII век, и шёл в разных землях неравномерно. Однако сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, говорит о её живом бытовании в народной среде. Это не книжная, не искусственная фамилия, а естественный продукт живой речи, где прозвище матери становилось родовым именем её детей.