Фамилия Молодько образована от прозвища Молодой — так на Руси называли не столько по возрасту, сколько по характеру. Молодым могли прозвать ловкого, статного и сметливого парня, того, кто выделялся удалью и сообразительностью, независимо от того, сколько ему лет. Позже прозвище Молодой, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, закрепившись за потомками.

Словообразовательная модель здесь — украинская или белорусская. Суффикс -ко (в данном случае — -ько) в этих землях был одним из самых распространенных способов превратить прозвище в фамилию. Он придавал основе оттенок ласкательности или принадлежности: Молодько — это буквально «сын Молодого» или «тот, кто из рода Молодых». Такая модель типична для фамилий, которые массово закреплялись в XVI–XVII веках на территории современной Украины, юга Беларуси и прилегающих областей России.

Интересно, что фамилия сохранила мягкий знак перед суффиксом — Молодько, а не Молодко. Это указывает на смягчение согласного, характерное для говоров, где прозвищная основа «молод» произносилась с палатализацией. В русском языке аналогичная фамилия чаще звучала бы как Молодцов или Молодкин, но форма на -ько выдает западнорусское или малороссийское происхождение рода. Если искать параллели, то к этому же гнезду относятся фамилии Молодой, Молоденко, Молодцов, но Молодько стоит особняком именно из-за редкого сочетания корня и суффикса.

По сословной принадлежности точных данных нет, но можно предположить, что предки носителей фамилии были не знатного, а скорее крестьянского или казачьего происхождения — такие фамилии на -ко часто встречались среди вольных людей, реестровых казаков и мещан. В документах фамилия фиксируется преимущественно в южнорусских и украинских губерниях, хотя сегодня ее носители рассеяны по всей России и странам бывшего СССР.