Фамилия Мордуков образована от имени или прозвища Мордух. В её основе лежит еврейское мужское имя Мордехай (Мардохей), известное по библейской книге Есфирь. Имя это древнеперсидского происхождения и означает «слуга» или «воин Мардука» — верховного божества вавилонского пантеона. В среде восточноевропейских евреев имя Мордехай давали в честь библейского праведника, и со временем оно дало множество уменьшительных и обиходных форм — Мордух, Мордко, Мордка.

Суффикс -ов указывает на типичную для русских фамилий модель отчества или принадлежности: Мордуков буквально значит «сын Мордуха». Такая модель массово закреплялась у еврейского населения Российской империи в конце XVIII — XIX веках, когда государство вводило обязательные фамилии для всех подданных. В черте оседлости, на территории современной Украины, Беларуси, Молдовы, польских и литовских губерний, фамилия Мордуков встречается чаще всего. Важно, что она не имеет отношения к русскому слову «морда» — это случайное внешнее совпадение, которое нередко вводит в заблуждение.

Редкость фамилии в том, что она сохранила полную форму еврейского имени в основе, а не более частую сокращённую (Мордков, Марков). Это указывает либо на запись фамилии по документам раввината или кагала, где имя фиксировали полностью, либо на то, что предок носителя звался именно Мордух, а не Мордко. Встречается и вариант Мордухов — он образован по той же модели, но с другим падежным оформлением. Сословно носители фамилии относились к мещанам или купцам, реже — к крестьянам, поскольку в черте оседлости еврейское население преимущественно жило в местечках и городах.

Таким образом, Мордуков — фамилия, прямо ведущая к библейскому персонажу через еврейскую традицию имянаречения и историю фамильного законодательства XIX века.