Фамилия Мордунова — женская форма от Мордунов, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа здесь неочевидна на первый взгляд, и это как раз тот случай, когда за простым звучанием может скрываться неожиданная история.

Самая прямая версия — от прозвища или имени Мордун. В русских говорах «морда» — не только часть лица, но и слово с широким спектром значений: от «рыла» животного до бранного прозвища человека с крупными чертами лица или грубого, наглого нрава. Суффикс -ун в прозвищах типичен для характеристики человека по действию или признаку (говорун, ворчун, драчун). Мордун — тот, кто «мордится», то есть важничает, кривляется, или просто обладатель заметной «морды». Фамилия образована по стандартной русской модели: основа на твёрдый согласный + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Мордуна). Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Мордуно́в.

Однако есть и другой, более редкий, но лингвистически интересный поворот. Мордун — это старое, почти забытое название рыбы, разновидности бычка или подкаменщика. В некоторых диалектах так называли небольшую рыбку с большой головой. Если предок промышлял рыболовством или получил прозвище за внешнее сходство с этой рыбой (например, за большую голову или широкий рот), то фамилия уходит корнями не в бранную лексику, а в народную зоологию. Такое объяснение менее очевидно, но оно точнее отражает бытовую логику прозвищ: называли не со зла, а по меткому наблюдению.

Стоит отбросить версию о связи с тюркским словом «мурда» (труп) — она искусственна и не подтверждается ни географией фамилии, ни типичными русскими суффиксами. Фамилия Мордунова — вполне славянская, хотя и нечастотная. Встречается она в основном в центральных и южных областях России, где диалектное слово «мордун» было в ходу. Социальный статус первых носителей мог быть любым: от крестьянина, получившего прозвище за характер, до рыбака, чья профессия отразилась в родовом имени.