Фамилия Моргунков — один из тех случаев, когда прозвище предка настолько яркое, что пережило века. В её основе лежит древнерусское слово «моргун» — так называли человека, который часто и быстро моргает, щурится или имеет привычку подмигивать. В говорах у этого слова были и другие значения: «моргуном» могли прозвать того, кто делает всё торопливо, суетливо, а в некоторых регионах — даже повесу или волокиту. Но центральное значение связано именно с особенностью мимики или зрения.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Моргунков буквально означает «сын Моргунка». А форма Моргунок — это уменьшительно-ласкательный вариант от «моргун». То есть прозвище было не грубым, а скорее бытовым, домашним: так могли называть невысокого или молодого парня с характерной привычкой моргать. Фамилия образована по стандартной для центральной России модели: основа на -ок (Моргунок) плюс суффикс притяжательности -ов.

Интересная деталь: фамилия Моргунков — довольно редкая по сравнению с однокоренными Моргунов и Моргуновский. Если Моргунов встречается повсеместно, то вариант с суффиксом -к- (Моргунок → Моргунков) выдаёт более узкую географию. Скорее всего, фамилия закрепилась в одном из регионов, где была распространена форма «моргунок» — это могла быть территория бывших Рязанского, Тамбовского или Воронежского наместничеств, где южновеликорусские говоры сохраняли такие уменьшительные формы.

По сословной принадлежности Моргунковы, как и большинство носителей фамилий на -ов, были крестьянами или посадскими людьми. Прозвище Моргунок не несло негативного оттенка — скорее, оно было наблюдательным и точным, как многие деревенские прозвища. В писцовых книгах XVI–XVII веков такие имена фиксировали без всякой иронии: Моргунок мог быть и зажиточным крестьянином, и ремесленником. Фамилия закрепилась в эпоху, когда потомки перестали пользоваться прозвищем отца, а стали передавать его по наследству в форме притяжательного прилагательного.