Фамилия Моргунов — одна из тех, что образована не от имени, а от прозвища. В её основе лежит глагол «моргать», а точнее — существительное «моргун», то есть человек, который часто моргает, щурится или имеет привычку подмигивать. Такие прозвища давали по заметной внешней черте: кто-то быстро и часто моргал от близорукости, кто-то — от нервного тика, а кто-то — по характеру, как подмигивающий балагур. В русских говорах «моргуном» называли ещё и того, кто «моргает» глазами в значении «шалит, озорничает». Так что фамилия могла закрепиться и за весельчаком, и за человеком с особенностью зрения.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: Моргунов — это «сын Моргуна». Фамилия относится к числу довольно распространённых, но не массовых. Она встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине, где бытует в форме Моргун. В украинской ономастике, кстати, прозвище Моргун могло иметь и другое значение — так в некоторых областях называли человека, который «моргает» в смысле «мигает фонарём» или подаёт знаки.

Интересная деталь: в старину у слова «моргун» был и вполне конкретный бытовой смысл. В некоторых промыслах «моргуном» звали рабочего, который следил за плавкой металла и «моргал» — то есть подавал сигналы мастеру. Если предки носителя фамилии были связаны с кузнечным или литейным делом, прозвище могло закрепиться именно по профессии, а не по внешности. В любом случае, корень здесь один, и он прозрачен.

Фамилия фиксируется в письменных источниках с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Моргуновы, что говорит о её давнем бытовании в разных сословиях. Дворянских ветвей с такой фамилией практически нет — она осталась в основном крестьянской и мещанской средой. В современной России Моргуновых больше всего в Воронежской, Ростовской и Московской областях.