Фамилия Морщакина образована от прозвища Морщака. В его основе лежит слово «морщина» — «складочка, сборка, сгиб ткани, кожи». Такое прозвище в старину могли дать человеку по двум разным причинам, и обе стоит рассмотреть.

Наиболее вероятная версия связывает прозвище с ремеслом. Морщакой могли называть мастера, который шил головные уборы: чтобы придать форму колпаку или шапке, ткань собирали в мелкие складки — морщили. Портной, который «морщил» материал, получал профессиональное прозвище Морщака. Потомки такого умельца со временем усвоили фамилию Морщакины, а для женщины в семье закрепилась форма Морщакина.

Вторая версия — внешняя. Морщакой могли прозвать пожилого человека с морщинистым лицом. Такие прозвища по физическим особенностям были широко распространены на Руси, однако для фамилии, закрепившейся за родом, ремесленная основа встречается чаще. Дело в том, что прозвища по профессии переходили по наследству естественнее, чем бытовые насмешки над внешностью.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа Морщак- (суффикс -ак-, характерный для прозвищ, обозначающих деятеля) плюс типичный русский фамильный суффикс -ин. Форма Морщакина — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чья?», то есть «дочь или жена Морщаки». Подобные фамилии на -ин чаще встречались в северорусских и поволжских землях, где притяжательная модель именования была особенно популярна.

Однокоренные фамилии — Морщинин, Морщинкин, Морщаков — встречаются в русских документах с XVII века, что подтверждает живую основу прозвища. Сама фамилия Морщакина не относится к числу распространённых аристократических родов, но и не является редкой: она бытует в центральной России и Поволжье, где развивалось ремесленное производство одежды и головных уборов.