Фамилия Морщакин образована от прозвища Морщака, а то, в свою очередь, — от слова «морщина», то есть «складочка, сборка, сгиб ткани, кожи». Казалось бы, проще всего предположить, что так дразнили морщинистого человека, но у этого прозвища есть и другая, более профессиональная версия. Морщакой могли называть мастера, который шил головные уборы, ведь в его работе морщины — то есть сборки и складки ткани — были главным технологическим приёмом. Шитьё на сборку требовало особого умения, и такое прозвище скорее подчёркивало ремесло, чем внешность.

Слово «морщина» в этом значении — общеславянское, но в русских говорах у него были и дополнительные смыслы. В некоторых регионах морщиной называли не только складку на лице, но и любую неровность, складку на одежде, а также особый способ кроя. Если прозвище Морщака действительно закрепилось за портным или скорняком, то фамилия Морщакин — это указание на род занятий предка, а не на его возраст или характер.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Морщакин буквально значит «сын Морщаки», «ребёнок того, кого звали Морщака». Такая модель типична для северных и центральных русских земель, где прозвища на -а легко превращались в фамилии на -ин. Редкость фамилии объясняется тем, что само прозвище Морщака не получило широкого распространения — оно осталось локальным, привязанным к конкретной местности и, возможно, к конкретной династии мастеров.

Интересно, что однокоренные фамилии — Морщин, Морщаков — встречаются чаще, но Морщакин сохранил более архаичную форму основы. Это позволяет предположить, что фамилия закрепилась раньше, чем произошёл переход к более привычному суффиксу -ов. Потомок человека, которого в округе знали как Морщаку, со временем стал Морщакиным, и эта форма застыла в документах, передаваясь из поколения в поколение.