Фамилия Морщакин происходит от личного прозвища Морщака, которое, в свою очередь, связано со словом «морщина» — то есть складка, сборка, сгиб ткани или кожи. Такая основа нередко указывает на внешность: так могли прозвать человека с морщинистым лицом или хмурого, постоянно сводящего брови. Но у этой фамилии есть и вторая, не менее любопытная версия, связанная с ремеслом. Морщакой могли называть мастера, который занимался пошивом головных уборов: в старину «морщить» ткань означало собирать её в мелкие складки, а это занятие было обязательным при изготовлении некоторых видов шапок и колпаков. Таким образом, прозвище могло закрепиться не за внешностью, а за профессией.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, и отвечал на вопрос «чей?». Морщакин — это «сын Морщаки», то есть потомок человека, носившего такое прозвище. Этот тип фамилий широко распространён в северных и центральных русских землях, где притяжательные формы на -ин встречались особенно часто.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и прозвища закреплялись за потомками постепенно. Тем не менее, фамилия Морщакин — живой памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе отголосок и народной наблюдательности, и забытых ремёсел.