Фамилия Мошкирева — женская форма, а мужская, Мошкирев, образована от прозвища или нецерковного имени Мошкирь. Слово это не встречается в современных словарях, но его корень прозрачен: «мошка» — мелкое двукрылое насекомое. В русских говорах «мошкой» могли назвать маленького, юркого или назойливого человека, либо того, кто занимался мошкарным, то есть мелким, хлопотным делом. Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительно-уничижительный оттенок: Мошкирь — тот, кто сродни мошке, возможно, невысокого роста или суетливый.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа на -рь (ср. Псарев, Зверев, Комарев) плюс патронимический суффикс -ев. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа заканчивается на мягкий согласный (рь). Такие фамилии фиксируют прозвище отца: Мошкирь → сын Мошкирев. В северных и сибирских говорах встречается вариант написания с «а» — Машкирев, но он мог смешиваться с фамилией от имени Макар или Матвей (через уменьшительное Машка).

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, Мошкиревы чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале — в Кировской, Пермской областях, в Татарстане. Это косвенно указывает на возможное происхождение от местных прозвищ, связанных с мошкарой в прикамских лесах и болотах. В ономастике Б. Унбегауна фамилии от названий насекомых (Комаров, Мухин, Осинов) отнесены к группе «прозвищных», нередко дававшихся с иронией или для отличия односельчан. Версия о связи с ремеслом (ловля мошки, пчеловодство) маловероятна: для этого использовали бы суффикс -арь (Мошкарь, как Пчеларь).

Других убедительных гипотез нет. Связь с тюркским «мош» (рог) или финно-угорским «мошкир» (лесной дух) — натяжка, не подтверждённая ни словарями, ни географией бытования фамилии. Так что наиболее вероятно: предок носителя фамилии получил прозвище Мошкирь за маленький рост, подвижность или несерьёзный, «мошкарный» характер.