Фамилия Москотины образована от прозвища Москота, которое, в свою очередь, восходит к нарицательному слову «москоть». В старину так называли особый вид товара: снадобья, красильные и аптечные припасы, а также разные материалы, которые использовали в ремеслах и промысловых производствах. Москотой могли прозвать человека, который держал склад таких товаров или торговал ими. Получается, что фамилия Москотин напрямую указывает на род занятий предка — его ремесло или торговлю.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе «Москот-» добавили типичный русский фамильный суффикс «-ин», который указывает на принадлежность: «сын Москоты». Такая модель широко распространена в русской ономастике, и фамилия Москотин относится к этому распространенному типу.

В исторических документах встречаются однокоренные прозвища и фамилии. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются Петр Елизарович Москотинье Бяконтов (первая половина XV века) и Иван Микулинич Большой Москотинье (середина XV века). Эти записи показывают, что прозвище существовало в Новгородской и Московской землях уже в XV веке, а значит, корни фамилии уходят вглубь столетий. Форма «Москотинье» — это старая притяжательная форма, от которой впоследствии и возникла современная фамилия Москотин.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был длительным и завершился в основном к XVII–XVIII векам. Однако сам факт, что прозвище фиксируется в документах XV века, позволяет предположить, что фамилия Москотин — одна из ранних русских фамилий, а её носители могли быть как торговыми людьми, так и ремесленниками, связанными с красильным или аптекарским делом.

Стоит отметить, что слово «москоть» в разных регионах могло иметь оттенки значения, но общий смысл — «товар, припасы» — сохранялся. Поэтому версия о происхождении фамилии от названия товара выглядит наиболее правдоподобной, и альтернативные гипотезы, связывающие фамилию с географическими названиями, выглядят слабо: в русских говорах именно торговое значение слова «москоть» зафиксировано словарями, тогда как топонимическая версия не имеет под собой документальной основы.