Фамилия Москотина — одна из тех, что сразу приковывает внимание созвучием со столицей, но её корни лежат не в географии, а в прозвищах. Основа здесь — не «Москва», а древнерусское слово «москоть», которое означало мелочный, скрупулёзный товар, галантерею, а также бакалею или вовсе мелкую живность вроде мошек. Прозвище Москоть или Москота давали человеку, который торговал такой мелочью, либо, в переносном смысле, суетливому и придирчивому человеку, «копошащемуся» в мелочах.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Москот-» добавили суффикс принадлежности «-ин», указывающий на родство с человеком по прозвищу. Получается: «чей?» — Москотин, то есть сын или потомок Москоти. Женская форма Москотина — это либо дочь, либо жена Москотина, но в современном употреблении она чаще всего закрепилась как фамилия женщины по отцу.

В ономастических справочниках фамилию Москотина относят к так называемым «профессиональным» прозвищам. Словарь Б. Унбегауна фиксирует родственные формы — Москотельников, Москотильников, — которые прямо указывают на торговца москательными товарами. Интересно, что слово «москательный» (от «москоть») в старину обозначало лавку с красками, клеем, химикатами и парфюмерией, а не только с бакалеей. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть не просто мелким лавочником, а владельцем москательной лавки — ремесла, требовавшего знаний в химии и красильном деле.

Географически фамилия Москотина редкая и встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли её в XIX веке. Встречаются варианты написания с двумя «т» — Москотина, но это скорее исключение, чем правило. Спорная версия о связи с рекой Москвой или городом Москвой лингвистически слаба: от таких топонимов образовывались бы фамилии с суффиксом «-ск-» (Московский, Москвин), а не «-от-». Прозвищная основа «москоть» даёт гораздо более убедительное и живое объяснение.