Фамилия Москотин образована от прозвища Москота, а то, в свою очередь, — от нарицательного «москоть». Слово это в старину означало «товар, снадобья, красильные и разные аптечные припасы, употребляемые в ремеслах, фабричных и промысловых производствах». Проще говоря, москоть — это собирательное название всякого рода зелий, красок и химических составов, которые нужны были ремесленникам, красильщикам и аптекарям. Поэтому Москотой могли прозвать человека, который держал склад такой продукции или торговал ею — своего рода поставщика сырья для мастеровых людей.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Москотин — это «сын Москоты» или «человек из рода Москоты». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от прозвищ, оканчивающихся на -а. Важно не путать эту фамилию с теми, что образованы от названия столицы: Москотин не имеет отношения к Москве, его корень — именно торговый термин, а не топоним.

Следы этого прозвища встречаются в древнерусских документах. В труде историка С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянуты однокоренные имена: Петр Елизарович Москотинье Бяконтов, живший в первой половине XV века, и Иван Микулинич Большой Москотинье, относящийся к середине того же столетия. Форма «Москотинье» здесь — это, по сути, отчество или семейное прозвище, указывающее на принадлежность к клану Москотиных. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в среде служилых и торговых людей уже пять с половиной веков назад.

Любопытно, что слово «москоть» в разных диалектах могло звучать и как «москотильный товар», а торговцев им называли москотильщиками. Прозвище Москота, таким образом, могло закрепиться не только за владельцем лавки, но и за скупщиком, разносчиком или даже знахарем, который разбирался в снадобьях и травах. Потомок человека с таким прозвищем со временем получил фамилию Москотин, которая и закрепилась в роду.