Фамилия Мойсееня — яркий пример того, как одна буква в суффиксе меняет «национальность» фамилии. В основе лежит крестильное имя Моисей (древнееврейское «взятый из воды»), но фамилия образована не по великорусской модели (-ов, -ев, -ин), а по западнорусской, точнее, белорусской. Суффикс -еня (Мойсе-еня) в белорусской ономастике выполняет ту же роль, что русское -енко на Украине или -ёнок на севере России: он обозначает «маленького», «сына» или «потомка». То есть Мойсееня — это буквально «Мойсеев сын» или «маленький Моисей».

Такая модель (основа на -ей + суффикс -еня) характерна для фамилий, возникших в зоне белорусско-украинского пограничья. В отличие от русских фамилий, которые застывали в форме притяжательного прилагательного («Моисеев»), белорусская форма сохранила уменьшительно-ласкательный оттенок. В документах XVII–XVIII веков на территории Минского и Новогрудского воеводств нередко встречаются записи вроде «Мойсееня»: так фиксировали сына, который ещё жил с отцом-Моисеем или носил прозвище по отцу.

Интересно, что фамилия избежала типичной для многих белорусских фамилий русификации. Если бы носитель перебрался в великорусские губернии в XIX веке, его могли бы записать как «Моисеенков» или «Моисеенко». Но Мойсееня осталась в своей исходной форме — это маркер того, что предки, скорее всего, не покидали пределов белорусского этнического ареала (современные Гродненская, Минская, Витебская области) и не попали под массовое «оканье» писцов.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с прозвищем от диалектного «мойсей» — так в некоторых говорах называли нерасторопного или задумчивого человека, но эта гипотеза слабая: имя Моисей было настолько распространено у православных и католиков, что подавляющее большинство носителей восходят именно к нему.