Фамилия Мойсеэв — один из редких примеров, где написание намеренно или случайно отклонилось от привычного «Моисеев». Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Мойсеэ́в. Такая орфография сразу бросается в глаза и заставляет задуматься: не опечатка ли это в документе? Но в русской ономастике известны случаи, когда фамилию фиксировали «на слух» — именно так, как произнёс писарь или сам носитель. Двойное «э» вместо «е» могло возникнуть под влиянием диалектного произношения (например, в южнорусских говорах) или при передаче фамилии из другого языка, где звук был более открытым.

Основа фамилии — библейское имя Моисей (в церковнославянской форме Моисей, в народной — Мойсей). Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Мойсея» или, шире, «из рода Мойсея». Модель типична для русских фамилий XIX века, которые образовывали от крестильных имён. Если бы фамилия звучала как «Мойсеев», она была бы совершенно обычной и частой. Вариант с «э» — это либо региональная особенность, либо сознательное желание предков сохранить необычное звучание, которое отличало их от однофамильцев.

Географически фамилия Мойсеэв встречается крайне редко. Основные очаги — юг России и Украина, где в устной речи «е» после гласного часто произносится как «э» (ср. «моего» как «майэго»). Встречается она и в среде потомков казачества, где запись фамилий в ревизских сказках и метриках была не всегда аккуратной. Возможно, предок носителя был «Мойсеем» — то есть человеком, названным в честь пророка Моисея, а его потомки получили фамилию, зафиксировавшую именно этот, нестандартный произносительный вариант.

Словообразовательно фамилия проста: корень «мойсе-» (от Мойсей) + суффикс -эв (фонетический вариант -ев). Никаких дополнительных суффиксов, указывающих на сословие (вроде -ский у дворян), здесь нет. Это типичная «патронимическая» фамилия, которую мог получить крестьянин, мещанин или казак. Спорных версий происхождения у неё нет: все лингвисты сходятся на том, что это вариант фамилии Моисеев, закреплённый на письме из-за особенностей произношения или ошибки переписчика, ставшей фамильной нормой.