Фамилия Мозгонов предположительно образована от названия села Мозгон, расположенного в Читинской области. Единого мнения о происхождении названия Мозгон нет. По одной из версий, название Мозгон имеет алтайское происхождение и переводится как «черёмуха». Согласно другой гипотезе, фамилия Мозгонов представляет собой вариант славянской фамилии Мозгунов, которая образована от прозвища Мозгун. Такое прозвище мог получить грамотный, рассудительный, толковый человек, снискавший себе славу мудрого человека.