Фамилия Мозжылин — редкая, и её происхождение неочевидно. На первый взгляд корень «мозж-» напоминает слово «мозг», но это, скорее всего, ложный след. Скорее всего, в основе лежит не анатомия, а древнерусское прозвище или вариант написания другой фамилии.

Главная версия: Мозжылин — это фонетический вариант фамилии Мозжилин. В русских говорах, особенно в северных и рязанских, звук «ж» мог чередоваться с «зж» или просто удваиваться на письме. Корень «мозж-» здесь восходит к глаголу «мозжить» — то есть давить, мять, дробить, причинять боль (ср. «мозжить кости»). Прозвище Мозжила могли дать человеку с тяжелой рукой, костоправу, либо тому, кто занимался размолом зерна или дроблением чего-либо. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Мозжилы.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «мозжыра» — так в некоторых областях называли мошку, гнус. Тогда Мозжылин — потомок человека, которого дразнили за назойливость или мелкий рост, либо за профессию, связанную с болотистой местностью. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ин при основе на -а встречается реже, и фамилия тогда имела бы форму Мозжырин.

С точки зрения географии, фамилия Мозжылин почти не встречается за пределами центральной России и Поволжья. Это указывает на её позднее закрепление и узколокальное бытование. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались среди крестьян и посадских людей — дворянской или боярской фамилии с таким корнем нет.

Таким образом, Мозжылин, скорее всего, потомок человека по прозвищу Мозжила, которое давалось либо по силовому ремеслу, либо по резкому характеру. Путаница с буквой «ы» вместо «и» — результат местного произношения или ошибки писаря.