Фамилия Мозжалина — женская форма, её мужской вариант Мозжалин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мозжала, и здесь есть сразу две версии происхождения, обе с опорой на живую народную речь.

Первая и самая прямая: от слова «мозжать». В южных и западных русских говорах этот глагол означал «чавкать, издавать хлюпающие звуки», а также «бить, колотить» (ср. «мозжить» — дробить, ломать). Прозвище Мозжала могли дать человеку с неаккуратной, чавкающей манерой есть или, напротив, драчуну, который «мозжит» противника. Вторая версия — от диалектного «мозжа» (сырость, слякоть, мокрый снег). Тогда Мозжалой называли неряху, вечно мокрого и грязного, или, с иронией, человека, родившегося в распутицу.

Суффикс -ин указывает на типичную восточнославянскую модель: Мозжалин — сын или потомок Мозжалы. Такие фамилии образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а, и были особенно распространены в северных и центральных областях России, а также на Урале. В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в переписях Вятской и Пермской губерний — как раз в зоне активного бытования говоров с глаголом «мозжать».

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу-землевладельцу или ремесленнику, форма на -ин могла принадлежать и крестьянину, и посадскому человеку. Социальный статус первых носителей Мозжалиных был, скорее всего, невысок: прозвище бытовое, без связи с церковным именем или знатным родом.

Редкий, но любопытный вариант: в некоторых говорах «мозжа» — это ещё и название мелкого гнуса, мошкары. Если прозвище пошло от этого значения, то его давали вертлявому, надоедливому человеку. Однако эта версия менее вероятна: слово «мозжа» в значении «насекомое» фиксируется редко и локально, тогда как глагол «мозжать» распространён шире.