Основой фамилии Мугачёв послужило мирское имя Мугач. Мирские имена нередко полностью подменяли собой имена крестильные и даже в документах могли выступать в качестве официальных имён. Мирское имя Мугач, предположительно, берёт начало от аналогичного нарицательного, которое имеет значением «окунь небольшого размера». До введения на Руси христианства наречение ребёнка именем, представляющим собой название рыбы, птицы, животного или растения, было очень распространённой традицией. Давая младенцу имя со значением «окунь», родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта рыба. Возможно также, что имя Мугач восходит к чувашскому существительному «мукач», то есть «заяц». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мугач, со временем получил фамилию Мугачёв.