Фамилия Мугин образована от нецерковного, мирского имени Муга. В основе этого имени лежит диалектное слово «муга», которым в поволжских говорах называли змею. Предки верили, что такие змеи обитают в глухих пещерах и ущельях, остерегаются воды, а их палаты сверкают золотом и серебром, бесценными камнями. Называя ребёнка Муга, родители, вероятно, желали ему не змеиной хитрости, а той самой сказочной удачи и богатства, что связаны с этим мифическим существом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мугин — это «сын Муги», «из рода Муги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму притяжательного прилагательного, что делает её ровесницей многих старинных родовых прозваний.

Существует и вторая, менее правдоподобная гипотеза, которая возводит фамилию к тюркскому имени Мугин. В этом случае перевод звучал бы как «хороший помощник» или «воспоминание». Однако эта версия уступает первой: во-первых, слово «муга» с чётким значением реально зафиксировано в диалектах, а во-вторых, для тюркских имён с таким корнем нет убедительных параллелей. Скорее всего, перед нами именно русское прозвище, которое позже закрепилось как фамилия.

Показательно и то, что фамилия встречается в регионах, близких к Поволжью, где слово «муга» было в ходу. Это косвенно подтверждает народное происхождение фамилии, а не книжное или инородное. Потомок человека по имени Муга со временем получил фамилию Мугин — так мирское имя, данное по народному поверью, превратилось в родовое прозвание, которое и сегодня хранит память о далёком предке.