Фамилия Мукарова — женская форма, а её мужской вариант — Мукаров. Сразу бросается в глаза необычный суффикс -ар-: в русских фамилиях он встречается редко, чаще в тюркских и кавказских. Это первый сигнал, что корни фамилии, скорее всего, не славянские, а восточные. Основа «мук» или «мука» в тюркских языках может означать «печать», «штамп» (от арабского «мухр» через тюркское посредничество). Тогда Мукаров — потомок человека, который ставил печати, то есть либо писаря, либо чиновника при дворе, либо мастера-печатника. Вторая версия, более прозаичная, но тоже возможная: в некоторых тюркских диалектах «мука» или «мук» — это «мука» (продукт). Тогда фамилия указывает на занятие мельника или торговца мукой.

Сам суффикс -ар- (а не, скажем, -ов или -ев) в русском контексте часто воспринимается как инородный. В тюркских же языках он может быть частью слова (например, «мухаррир» — редактор, но это уже арабизм), а может выполнять роль аффикса деятеля. В любом случае, фамилия Мукаров — типичный пример того, как при переходе в русскую среду тюркское прозвище или имя получило стандартное русское фамильное окончание -ов, но сохранило нехарактерную для славян основу.

География фамилии подтверждает эту догадку. Мукаровы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской и Челябинской областях, а также среди народов Северного Кавказа (особенно у кумыков и ногайцев). Встречаются единичные случаи у татар-кряшен, где фамилия могла возникнуть независимо от мусульманской традиции.

Спорным остаётся вопрос, могла ли фамилия быть образована от русского слова «мука» (страдание). Лингвистически это маловероятно: суффикс -ар- не продуктивен в русской антропонимии для образования фамилий от абстрактных существительных. Скорее всего, это случайное звуковое совпадение. Поэтому версия с тюркским корнем «печать» или «мука-продукт» — основная и наиболее обоснованная. Предки Мукаровых, если следовать этой логике, были либо грамотными людьми при администрации, либо держали мельницу.