В ее основе лежит прозвище Мукосей: так в старину называли помощника пекаря, в чьи обязанности входило просеивать муку. Таким образом, эта фамилия относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Чередование гласных о/а является результатом исторических процессов в языке.