Фамилия Мухантаев — редкий случай, когда прозвищная основа, скорее всего, восходит не к тюркскому, а к монгольскому языковому пласту. Если не вдаваться в детали, её можно ошибочно принять за производную от арабского имени Мухаммад (через форму Мухан), но это не так. Ключ к разгадке — суффикс «-таев», который указывает на отчество от прозвища, образованного по старой монгольской модели с компонентом «тай» (в тюркских языках — «дай»), означающим «имеющий», «обладающий».

Основа «Мухан» — это искажённое монгольское слово «муухан» (в некоторых диалектах «мухан»), что переводится как «плохонький», «слабый», «неказистый». В монгольской антропонимике такие имена с отрицательным оттенком давали детям намеренно: считалось, что «плохое» имя отпугнёт злых духов и сделает ребёнка незаметным для болезней. Таким образом, Мухантаев буквально означает «сын того, кого прозвали Слабеньким» или «потомок Плохонького».

Географически фамилия преимущественно встречается у бурят, реже — у калмыков и некоторых групп алтайцев. В русской записи она закрепилась через суффикс «-ев» (а не «-ов»), что типично для фамилий на мягкую или шипящую основу. В метрических книгах XIX века можно встретить вариант «Мухантаевъ» с твёрдым знаком на конце.

Стоит отличать эту фамилию от похожей тюркской фамилии Мухантов, которая образована от имени Мухан (форма Мухаммед) с другим суффиксом. Мухантаев же — яркий пример того, как за внешне знакомым звучанием скрывается не арабское, а степное монгольское имя-оберег.