Фамилия Мухараев, скорее всего, происходит от тюркского прозвища или имени. В её основе лежит слово «мухар» или «мухарра», которое в разных тюркских языках (например, в татарском, башкирском, казахском) может означать «печать» или «клеймо». Реже — «железо», «сталь». Мужчина, получивший такое прозвище, мог быть мастером по нанесению тавро (метки на скоте), кузнецом или человеком, который ставил печати на документы. Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии по модели «чей?» — то есть «сын (или потомок) Мухара».

Вторая, менее распространённая версия, отсылает к арабскому имени Мухаррам (первый месяц мусульманского календаря). В тюркской среде это имя могло упроститься до формы Мухар или Мухара. Тогда фамилия Мухараев — патроним, образованный от этого имени, и означает «принадлежащий потомку Мухара».

Фамилия редкая, встречается в основном среди татар, башкир и у народов Северного Кавказа. В русском написании закрепился вариант через «а» в корне, хотя в тюркских оригиналах возможны колебания гласных. Окончание -ев, а не -ин, говорит о том, что основа заканчивалась на согласный звук «р», что типично для заимствованных тюркских основ.

Поскольку фамилия недворянская и не попала в родословные книги, её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками. Точных исторических дат появления фамилии нет, но, как и большинство тюркских фамилий на -ев, она могла оформиться в XIX веке при переписях населения. Сегодня Мухараевы живут в Поволжье, на Урале и в Казахстане.